1. 行業

生物反應器廣泛應用于食品、農業、畜牧業、漁業和化學工業等行業。該設備應用于醫藥、診斷服務和分析等領域，以及資源能源和生物電子學領域。

例如，在食品制造中，通過使大豆、大米和果汁與曲霉和酵母發生反應來生產味噌、醬油、清酒、葡萄酒等的方法可以被視為一種生物反應器。一個典型的工業例子是通過固定化酶（使其可重復使用）來大量生產氨基酸、糖等。

此外，在研究和醫學領域，可以利用細胞培養來產生細胞內的功能物質，然后可以提取作為藥用物質。

2. 物理化學

生物反應器也用于檢測和量化物理化學物質。自動分析儀使用固定化酶來光學跟蹤化學反應，并可連續分析許多樣本。

生物傳感器是一種通過電追蹤反應的方法。具體例子包括酶傳感器、微生物傳感器和半導體生物傳感器。